Tankene om større verneområder i ytre Oslofjord har eksistert lenge. Vernemotivenehar vært både det marine miljøet, landskapsmessige forhold og plante - og dyrelivet for øvrig. Sentralt har vært områdets store betydning for friluftslivet.

I St. meld. nr.62 (1991-92) ”Ny landsplan for nasjonalparker og andre større verneområder” slutter Stortinget seg til regjeringens forslag som bl.a. innbefattet forslag om vern av Hvaler skjærgård. I meldingen heter det at ”Departementet er innstilt på å fremme forslag om vern av Hvaler skjærgård". Meldingen bygger på NOU 1986:13 Ny landsplan for nasjonalparker.

Senere har flere nasjonale utvalg/grupper arbeidet med spørsmålet om vern av marine områder. St. meld. nr.43 (1998-99) ”Vern og bruk av kystsona” avklarte viktige forhold i skjæringspunktet mellom vern og utnytting/bruk av ressursene i havet. Også St. meld. nr.12 (2001-02) ”Rent og rikt hav” ga viktige føringer og avveininger på dette området.

Området utgjør 354 km2 og strekker seg fra Struten/Søster i nord, sørover forbi Torbjørnskjær til Sveriges grense. Denne følges så nordøstover til Hærføl. Området avgrenses så mot de store Hvalerøyene fra Kirkeøy til Vesterøy. På disse øyene inngår tilliggende urørte landarealer som utgjør ca 14 km2 .

Området innehar store verneverdier knyttet til flora, fauna, strand og kysttyper, kystbarskog, lyngheier og det intakte storslagne kystlandskapet.

Området har spesielle marine egenskaper pga. Glommas utløp og en meget variert undersjøisk topografi og bunnforhold. Sven Loven center (tidl. Tjernø Marinbiologiske laboratorium) har gjennom flere år utført marinbiologiske undersøkelselser i området dels på oppdrag for fylkesmannen. I 2002 ble det gjort et bemerkelsesverdig funn av et stort korallrev ved Tisler. Det mer enn 1200 m lange revet er det største innomskjærs kaldtvannskorallrev man kjenner til. I årene etterpå har Tjernø Marinbiologiske laboratorium kartlagt flere korallrev, bl.a. ved Søsterøyene.

Området ble vedtatt vernet 26.juni 2009.